Руководство Межведомственной комиссиейосуществляет председатель Комиссии, назначаемый из числа заместителей полномочного представителя Президента Российской Федерации в Приволжском федеральном округе, который имеет двух заместителей: помощника полномочного представителя Президента Российской Федерации в Приволжском федеральном округе и председателя Совета руководителей территориальных органов МЧС России в Приволжском федеральном округе – начальника Главного управления МЧС России по Нижегородской области.
В состав Межведомственной комиссии входят руководители заинтересованных территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, а также заместители высших должностных лиц субъектов Российской Федерации или председателей Правительств субъектов Российской Федерации, курирующих вопросы защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций.
Председатель Межведомственной комиссии, его заместители, секретарь и состав данной комиссии утверждаются полномочным представителем. Представители федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, входящих в состав округа, включаются в состав Межведомственной комиссии по согласованию с их руководителями.