Руководство Координационным Советом осуществляет председатель, назначаемый из числа заместителей полномочного представителя, который имеет двух заместителей: помощника полномочного представителя Президента Российской Федерации в Приволжском федеральном округе и руководителя Управления Федеральной службы по техническому и экспортному контролю по Приволжскому федеральному округу.
В состав Координационного Совета входят руководители заинтересованных территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, а также заместители высших должностных лиц субъектов Российской Федерации или председателей Правительств субъектов Российской Федерации, или руководители администраций (аппаратов) высших должностных лиц субъектов Российской Федерации (председателей Правительств субъектов Российской Федерации), возглавляющие Советы (Комиссии) по защите информации субъектов Российской Федерации.
Председатель Координационного Совета, его заместители, секретарь и состав данного Совета утверждаются полномочным представителем. Представители федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, входящих в состав округа, включаются в состав Координационного Совета по согласованию с их руководителями.