В годы Великой Отечественной войны стратегическое значение приобрела разработка Ишимбайского месторождения нефти, особенно после прорыва немецких частей к каспийским промыслам. Нефтедобыча и нефтепереработка республики сыграли исключительно важную роль в снабжении фронта и тыла горюче-смазочными материалами. Каждый третий танк и самолёт на фронте заправлялись горючим, произведенным в Башкирии. Из недр республики было добыто более 5 миллионов тонн нефти, а ее переработка увеличилась в 1,5 раза.
Предприятия освоили выпуск сотен видов новой продукции военного назначения – авиабомб, мин, реактивных снарядов для «Катюш», аппаратуры фронтовой связи, аэросаней, обмундирования, оборудования для танков, боевых судов. Белорецкий металлургический комбинат выпускал прочные сорта стали для танков и орудий, уфимский паровозоремонтный завод – бронеплощадки и бронепоезда, стерлитамакский станкостроительный завод – станки для оборонной промышленности. На базе эвакуированных заводов в Уфе было создано авиационное моторостроение. Каждый третий советский боевой самолёт в годы войны летал с уфимским двигателем.В те годы получили развитие новые отрасли промышленности.
Были созданы химические предприятия, освоен выпуск соляной кислоты и хлора. Заработал завод натурального каучука. Уфимский завод резинотехнических изделий начал выпуск аэростатов, десантных лодок, понтонов и водолазных костюмов. Вошли в строй кабельный и лакокрасочный заводы, предприятие по выпуску кальцинированной соды, хлопчатобумажный комбинат. Электротехническая отрасль объединила семь эвакуированных заводов. Развивалась легкая и пищевая промышленность. Открылись Уфимский витаминный и Карламанский сахарный заводы.
Из Башкирии непрерывным потоком шли на фронт эшелоны с военной техникой и снаряжением. В целом промышленность республики дала продукции к концу войны более чем в 2,5 раза по сравнению с 1940-м годом. Массовый трудовой героизм проявили жители села – работники совхозов и колхозов. В тяжелейших условиях они обеспечивали выпуск продовольствия для фронта. За 1941-1945 гг. колхозы и совхозы республики сдали государству 160 млн. пудов зерна, 980 тыс. центнеров мяса и другие продукты. Высокий патриотизм людей проявился в движении за создание Фонда обороны страны. Трудящиеся республики внесли в Фонд обороны около 250 млн. рублей. На собранные средства были построены четыре авиаэскадрильи, четыре танковые колонны и четыре бронепоезда – «Александр Невский», «Полководец Суворов», «Салават Юлаев» и «Уфа».
На стройплощадках Уфимского моторостроительного завода разместилось оборудование заводов из Рыбинска, Москвы, Ленинграда. В кратчайшие сроки был освоен выпуск мощных моторов для боевых самолетов Як-3, Як-7, Як-9, бомбардировщика Пе-2. Эти стальные сердца крылатых боевых машин Отчизны надежно служили нашим героям-летчикам. Только за три года войны было выпущено 97 тысяч самолетных двигателей.
Уфимский паровозо-вагоноремонтный завод принял ряд заводов Украины и западных областей России. Кроме основной продукции коллектив наладил выпуск боеприпасов, в том числе и реактивных снарядов для легендарных «Катюш», сверх программы выпустил четыре бронепоезда, частично укомплектовав своими рабочими их команды. К середине 1942 года в республике действовало слаженное военное хозяйство, дающее фронту авиамоторы, боеприпасы, ряд узлов и агрегатов для производства вооружения, обмундирование, горючее и смазочные масла, оборудование для танков, приборы для военных судов, аппаратуру полевой связи, продовольствие.
Белорецкий металлургический комбинат (БМК) освоил производство прочных сортов стали для танковых и артиллерийских заводов. Расширилась разработка марганцевых и бокситовых руд, никеля, кобальта.
На предприятиях местной промышленности и промысловой кооперации изготовляли повозки, сани, лыжи, походные кухни, различные военные снаряжение. Нижне-Троицкая суконная фабриката выпускала ткани для военного обмундирования. Швейные и обувные фабрики изготовляли одежду и обувь для солдат.